PDF を Distiller タイプの PDF エンジンで生成した場合、PostScript プリンタドライバで生成した PostScript ファイルを PDF に変換している。　PostScript は、透過レイヤーをサポートしていないため、透過レイヤーはフラット化された後に PDF 生成される。したがって、PostScript ドライバを使用している限り、透過レイヤーを含む PDF や PDF/X-4 は期待通りに生成できない。一方、GDI プリントパスを使用する PDF 生成エンジンの場合には、GDI 自体が透過をサポートしておらず、透過レイヤを含む PDF を生成できない。

上記の問題を回避するには、アプリケーションソフトから直接 PDF を書き出すことが唯一推奨されるのかもしれない。しかしながらアプリケーション開発者への負担は、非常に大きいものとなる。おそらく、一部のアプリケーションしかこの直接書き出しに対応できないかもしれない。もしくは WPF 対応のアプリケーションを開発し、透過をサポートする XPS を Microsoft XPS Document Writer (MXDW) で生成し、その後生成された XPS を PDF または PDF/X-4 に変換したいと思うかもしれない。